Rukovodilac Sektora: Amra Pojskić, pomoćnik ministra
U okviru ovog sektora obavljaju se upravni, analitički, stručni i drugi poslovi koji se odnose na:
donošenje programa zaštite okoline i njenog unapređenja,
koncipiranje programa zaštite okoline i koordinaciju aktivnosti na istraživanju, planiranju, finansiranju i praćenju stanja okoline,
praćenje stanja Fonda za zaštitu okoline,
pregled programa i planova iz oblasti zaštite čovjekove okoline koje kandiduju općine,
prikupljanje, pregled i kandidiranje projekata iz oblasti zaštite okoline većih zahvata prema Federalnim ministarstvima,
saradnju sa nevladinim organizacijama,
učestvovanje u pripremi prednacrta, nacrta i prijedloga propisa kojima se reguliše oblast zaštite okoline, te predlažu potrebne mjere za njihovo sprovođenje.