U okviru Odsjeka za računovodstvo obavljaju se analitički i drugi stručni poslovi, i to:
izrada računovodstvenih procedura i politika
osiguranje finansijske i računovodstvene kontrole nad poslovnim promjenama u ISFU
priprema prijedloga izmjene kontnog plana i budžetske klasifikacije
ažuriranje i vođenje registra budžetskih korisnika,
koordinacija računovodstvenih poslova i dnevnih operacija sistema sa ostalim operativnim centrima i korisnicima koje Trezor opslužuje,
pregled dokumentacije s aspekta potpunosti i zakonitosti,
obezbjeđenje poštivanja računovodstvenih standarda u svim segmentima rada odsjeka,
unos i knjiženje podataka korisnika nabavke, korisnika obaveze, korisnika glavne knjige i potraživanja,
stalna saradnja sa drugim operativnim centrima na kojima su instalisane radne stanice,
izrada periodičnih i završnih obračuna,
izrada periodičnih izvještaja i godišnjih konsolidovanih izvještaja, kao i izvještaja po zahtjevu Federalnoh ministarstva finansija,
praćenje realizacije stambenih kredita i kredita za zapošljavanje iz sredstava privatizacije, saradnja sa bankama na području Zeničko-dobojskog kantona u oblasti kredita, priprema analiza i izvještaja o kreditima.
U okviru Odsjeka za planiranje i izvršenje budžeta obavljaju se upravni, analitički i drugi stručni poslovi, i to:
izrada budžeta,
izrada analiza, izvještaja, informacija i drugih stručnih materijala na bazi podataka iz oblasti prihoda,
izrada periodičnih i godišnjih izvještaja o izvršenju budžeta,
predlaganje mjera za ograničenje budžetske potrošnje,
priprema procedura za izradu mjesečnih operativnih planova,
koordinacija i održavanje odnosa sa bankama,
priprema prognoza novčanih tokova u modulu za gotovinsko poravnanje,
praćenje priliva i odliva sredstava na i sa JRT,
izrada analiza i izvještaja o planiranju i upravljanju gotovinom,
izvršavanje pripremljenih i odobrenih registara za plaćanje u skladu sa raspoloživim sredstvima i utvrđenim prioritetima,
obavještavanje korisnika o statusu plaćanja,
dnevna raspodjela prihoda (RAS datoteka), te povrat pogrešno ili više uplaćenih prihoda.